根据全旗现已形成的区域化种植格局，杭锦后旗全面推进农业产业化经营，以标准化生产为核心，大力调整农作物品种和品质结构，提高农产品市场竞争力，增加农民收入。切实把优质、高效、专用、安全、适销对路、竞争力强的农产品作为农业结构调整的重点，全力推行绿色、无公害标准化生产规程，着力淘汰劣质品种，压缩大宗农产品品种，发展优质专用品种。为此，将全旗129万亩农作物全部建设成为无公害农产品生产基地，其中125万亩达到绿色食品标准。依托大后套面粉公司、金穗面粉公司、天成农牧和飞亚等龙头企业，以南片、西片区域为重点，建设优质小麦生产基地38万亩，建设玉米转化优质生产基地38万亩；围绕屯河河套公司、鸣兴脱水菜厂等龙头企业，以中片、西片区域为重点，建设番茄、脱水菜产业化基地12万亩；依托蛮会镇、陕坝镇、二道桥镇三大流通市场和大好大籽类加工企业，以北片、南片区域为重点，建设以食葵、籽瓜、葫芦籽为主的炒货产业化基地30万亩。此外，还建成７万亩林果产品基地。